Основная направленность работы Центра заключается в изучении процессов, происходящих в Содружестве Независимых Государств в целом и в каждой входящей в него стране; подготовке соответствующих исследований и разработок, рекомендаций, имеющих научно-практическое значение для МИД России и учебного процесса в Дипломатической академии. При этом акцентируется внимание на путях и методах укрепления и развития тенденций, ведущих к сближению стран и народов СНГ, к развитию интеграционных процессов на территории стран Содружества. Результаты исследования в виде аналитических записок, справочных материалов доводятся до департаментов МИД России; выносятся в форме сообщений, содокладов на научные и научно-практические конференции, круглые столы, организуемые МИД и Дипломатической академией; публикуются в центральных газетах и журналах, сборниках конференций, монографических изданиях, учебных пособиях, «Дипломатическом ежегоднике», «Ежегоднике СНГ», «Ученых записках», излагаются в учебных лекциях.
Особое внимание в работе Центра уделяется задачам соединения фундаментальных научных исследований по проблемам интеграции с оперативным анализом интеграционных процессов, поиску путей и методов реформирования СНГ.
В 2007–2009 годах Центром организованы и проведены научно-практические конференции и круглые столы; подготовлены и прошли апробацию 18 кандидатских и 6 докторских диссертации.
Центр СНГ установил сотрудничество с Академией управления при Президенте республики Беларусь, с Дипломатической Академией МИД Украины, национальными университетами Молдавии, Таджикистана, Киргизии; осуществляет деловые контакты с посольствами стран СНГ, аккредитованными в Москве; оказывает практическую помощь в форме научных консультаций слушателям Дипломатической академии из стран СНГ. Ряд дипломных работ и кандидатских диссертаций по проблемам СНГ защищен с использованием методик научного анализа, разработанных в Центре.
Центр проделал большую научно-исследовательскую работу, связанную с разработкой проблем развития Содружества Независимых Государств, активно участвовует в издательской, научно-педагогической деятельности. Находится в тесном контакте с соответствующими департаментами МИД России, Правительством Москвы, Советом Федерации, Госдумой, рядом вузов столицы.